Diawali dengan adanya program kerjasama riset tuna, khususnya tuna sirip biru selatan atau southern bluefin tuna (Thunnus maccoyii) di Pelabuhan Benoa antara CSIRO Australia dengan Balai Riset Perikanan Laut tahun 1993. Kemudian dilanjutkan pada tahun 2002 dengan membentuk program monitoring melalui proyek kerjasama multilateral (Australia, Jepang dan IOTC) di tiga lokasi pendaratan utama tuna, yaitu Pelabuhan Perikanan Samudera Jakarta, Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap dan Pelabuhan Benoa. Hingga saat ini program monitoring yang masih berjalan adalah di Pelabuhan Benoa dengan melibatkan enumerator dari Balai Riset Perikanan Tuna. Diawali dengan adanya program kerjasama riset tuna, khususnya tuna sirip biru selatan atau southern bluefin tuna (Thunnus maccoyii) di Pelabuhan Benoa antara CSIRO Australia dengan Balai Riset Perikanan Laut tahun 1993. Kemudian dilanjutkan pada tahun 2002 dengan membentuk program monitoring melalui proyek kerjasama multilateral (Australia, Jepang dan IOTC) di tiga lokasi pendaratan utama tuna, yaitu Pelabuhan Perikanan Samudera Jakarta, Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap dan Pelabuhan Benoa. Hingga saat ini program monitoring yang masih berjalan adalah di Pelabuhan Benoa dengan melibatkan enumerator dari Balai Riset Perikanan Tuna.
Sejalan dengan program monitoring yang dilakukan oleh enumerator di Pelabuhan Benoa, pada tahun 2005 dibentuk program monitoring di atas kapal rawai tuna atau yang disebut program observer on board. Program observer on board ini merupakan hasil kerjasama antara Pusat Riset Perikanan Tangkap (sekarang Pusat Riset dan Pengembangan Perikanan) dengan CSIRO Australia yang bertujuan untuk memperoleh semua informasi yang tidak dapat diperoleh dari monitoring di pelabuhan-pelabuhan pendaratan tuna. Selain itu, program ini dilakukan untuk memenuhi kebutuhan data dan pelaporan ke organisasi pengelolaan perikanan regional, khususnya IOTC.
Pada tahun 2009, program monitoring yang dilakukan di Pelabuhan Benoa maupun program observer perikanan rawai tuna di Samudera Hindia dilanjutkan melalui anggaran APBN. Melihat hasil yang telah dicapai, akhirnya pada tahun 2010, Pusat Riset Pengelolaan Perikanan dan Konservasi Sumber Daya Ikan (sekarang Pusat Riset dan Pengembangan Perikanan), Balitbang KP mendirikan satu Unit Pelaksana Teknis di bidang Riset perikanan tuna yaitu Loka Riset Perikanan Tuna (LP2T) Benoa berdasarkan Persetujuan Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi, dalam Surat Nomor B-3677/M.PAN-RB/12/12 tanggal 2 Desember 2010, yang kemudian diperkuat dengan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor: PER.27/MEN/2010 tentang Organisasi dan Tata Kerja Loka Penelitian Perikanan Tuna.